يتم وضع المضخات في قاع الآبار في الآبار العميقة. يتم نزح المياه عبر أنبوب من الأسفل إلى نقطة التصريف. مضخات الآبار العميقة أقوى من تلك المستخدمة في نقاط الآبار. نظرًا لأن الآبار العميقة يمكن أن تقلل من منسوب المياه الجوفية على أعماق ونطاقات أكبر، يتم تثبيتها على مسافات أكبر. يتم استخدام الآبار العميقة بمفردها أو بالاشتراك مع نقاط الآبار.
